В центре сюжета находится секретное медицинское учреждение «Проект Ной», где ученые экспериментируют с опасным вирусом. США угрожает неминуемая эпидемия гриппа, и опыты могут помочь найти лекарство от всех болезней. В качестве испытуемой выбирают молодую сироту Эми. Федеральному агенту Брэду Уолгасту поручают доставить девушку в тайную лабораторию. Однако у Брэда просыпаются отцовские чувства к девочке, и он решает защищать ее любой ценой.
Теперь им придется противостоять главному ученому проекта, майору Николь Сайкс, и бывшему оперативнику ЦРУ, Кларку Ричардсу, которого обучал Брэд. Еще им придется столкнуться с новой опасной расой существ, заключенных в стенах «Проекта Ной», а также с бывшим ученым Тимом Фаннингом и приговоренной к смертной казни Шоной Бэбкок. По мере того, как ученые подбираются все ближе к своей цели – изобретению необходимого лекарства, представители новой расы начинают чувствовать свою силу и задумывают сбежать, что повлечет за собой невообразимый апокалипсис.
Эми и Брэд скрываются от Ричардса. Они пытаются найти убежище у таинственного бывшего военного инструктора Брэда. Тем временем доктор Лир раздумывает о том, что подтолкнуло его включить Фаннинга в свое исследование. Вирус начинают тестировать на Энтони Картере.
Брэд пытается заключить сделку с Сайкс и Ричардсом, чтобы остаться в «Проекте Ной» вместе с Эми, пока на ней начнут тесты вируса. Брэд собирает информацию о состоянии заключенных в блоке «4B». Шона Бэбкок рассказывает о своем прошлом.
Уолгаст убеждает Сайкс и Лира выпустить группу на улицу, чтобы те немного размялись. Через эмоциональные воспоминания раскрывается жизнь Картера. Фаннинг получает больше власти над теми, кто находится внутри «Проекта Ной».
У Брэда и Эми появляется неожиданный сообщник, который помогает им сбежать, когда высокопоставленный чиновник неожиданно приезжает в «Проект Ной». Сайкс и Ричард сомневаются в мотивах друг друга. Лир, Элизабет и Фаннинг раскрывают тревожные факты из прошлого.
Гилдер и Ричардс организуют поисковую группу. Напряженность возрастает, когда обнаруживается, что вирус оказался за пределами «Проекта Ной». В отношениях между Эми и Брэдом наступает сложный момент. Лир помогает Элизабет понять его решения.
Брэд и Лила размышляют о событиях из прошлого, которые их связывают, пока они работают над спасением Эми. Хорас Гилдер получает полную власть над «Проектом Ной». По этой причине Сайкс и Ричардс начинают переживать о будущем проекта. Между Эми и Картером устанавливается крепкая связь.
У Эми начинают проявляться симптомы, которые предположительно говорят о том, что она близка к превращению. Это заставляет Брэда объединить группу, пока Лила и Сайкс ищут противоядие. Рачардс пытается сохранить «Проект Ной» после того, как Гилдер распускает большую часть персонала.
Эми размышляет о том, что лучше для человечества, когда единственный способ остановить вирус – это взрыв, который может поставить под угрозу Брэда, Сайкс и лекарство против вируса. В результате после взрыва формируются неожиданные альянсы, а ключевая фигура возвращается, чтобы убедить всех бороться за свою жизнь.
Отзывы